ศูนย์ธรรมกาญจนาถือกำเนิดขึ้นด้วยแรงศรัทธาอันบริสุทธิ์ของคณะศิษย์เก่ากลุ่มหนึ่ง ซึ่งได้มอบที่ดินและร่วมกันพัฒนาพื้นที่ดังกล่าว ก่อนจะยกมอบให้แก่มูลนิธิ ส่งเสริมวิปัสสนากรรมฐานในสังฆราชูปถัมภ์ ในปีพุทธศักราช 2550
ในห้วงเวลานั้น ที่ดินของศูนย์ยังคงประสบปัญหาด้านเอกสารสิทธิ์ที่ไม่สมบูรณ์ แม้คณะศิษย์จะได้ยื่นเรื่องขอเปลี่ยนเอกสารสิทธิ์เป็นโฉนดที่ดินด้วยความเชื่อมั่นว่าจะสำเร็จลุล่วงด้วยดี มูลนิธิฯ จึงรับไว้และมอบหมายให้คณะกรรมการศูนย์ธรรมกาญจนาเข้าบริหารจัดการ พร้อมทั้งจัดการอบรมอย่างต่อเนื่องเกือบสองทศวรรษ
อย่างไรก็ตาม ความมุ่งมั่นของคณะศิษย์ในการขอเปลี่ยนเอกสารสิทธิ์เป็นโฉนดที่ดินกลับไม่เป็นผลสำเร็จ เนื่องจากพื้นที่ส่วนใหญ่ดังกล่าวได้ทับซ้อนกับเขตอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช เมื่อทางศูนย์ฯ เล็งเห็นถึงความจำเป็นในการปรับปรุงพื้นที่ซึ่งใช้งานมาอย่างยาวนานเกือบ 20 ปี การดำเนินการปรับปรุงครั้งนี้ มีการก่อสร้างอาคารขนาดใหญ่ขึ้นบนพื้นที่เดิม ทำให้เป็นที่สังเกตเห็นของกรมอุทยานฯ จึงนำมาสู่การตรวจสอบเอกสารสิทธิ์ และเมื่อพบว่าไม่ถูกต้อง กรมอุทยานฯ จึงได้ดำเนินการฟ้องร้องดำเนินคดีในประเด็นการทับซ้อนของพื้นที่ดังกล่าว
ภายหลังจากการตรวจสอบเอกสารหลักฐานทั้งหมดอย่างละเอียดถี่ถ้วน มูลนิธิฯจึงมีมติเห็นควรส่งมอบพื้นที่คืนแก่กรมอุทยานฯ คณะทำงานของศูนย์ ซึ่งประกอบด้วยอาจารย์และคณะกรรมการศูนย์ จึงจำต้องย้ายออกจากที่ตั้งเดิม แต่ด้วยปณิธานอันแน่วแน่ในการเผยแผ่พระธรรมตามเจตนารมณ์ของท่านอาจารย์โกเอ็นก้า จึงมีความมุ่งมั่นที่จะแสวงหาสถานที่แห่งใหม่เพื่อสานต่อภารกิจที่ สำคัญยิ่งนี้ต่อไป
ในที่สุด คณะศิษย์ได้ประสบความสำเร็จในการจัดหาที่ดินแห่งใหม่และดำเนินการจัดซื้อเรียบร้อยแล้ว พร้อมทั้งได้รับเงินทุนสนับสนุนสำหรับการก่อสร้างศูนย์แห่งใหม่ ซึ่งคาดว่าจะแล้วเสร็จภายในระยะเวลาประมาณ 1 ปีครึ่ง ณ หมู่4 ตำบลหนองตากยา อำเภอท่าม่วง จังหวัดกาญจนบุรี
จึงเรียนมาเพื่อโปรดทราบโดยทั่วกัน
คณะกรรมการ ศูนย์ วิปัสสนาธรรมกาญจนา